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要关闭拼多多商家版的短信自动充值功能，可以按照以下步骤操作。
1、登录拼多多商家版账号，进入后台管理界面。
2、在后台管理界面找到“账户资金”或“短信服务”等相关选项，点击进入。
3、在账户资金或短信服务页面，找到“短信自动充值”选项。
4、点击“短信自动充值”选项，进入自动充值设置页面。
5、在自动充值设置页面，找到关闭或取消自动充值的选项，并点击确认。
如果在操作过程中遇到任何问题，建议联系拼多多商家客服进行咨询，以获取更详细的操作指导，请确保在关闭自动充值功能前，已经处理完所有的充值问题和余额，关闭后，如果需要再次开启该功能，可以按照相似的步骤重新开启。